肝內膽管結石手術存在一定的危險，但如果醫生進行全面評估后建議手術時，一般都認為手術的危險不是特別高。肝內膽管結石如果造成膽道梗阻，可能會誘發肝功能異常，嚴重者可以引起急性膽管炎，遠期甚至存在誘發膽管癌的風險。所以，有指征的患者都應該在醫生的建議下，排除身體不能耐受的情況以后，進行手術治療。手術主要包括經肝門部膽管切開的取石治療及肝部分切除，對于存在肝門部或者肝內膽管狹窄的患者，手術中如果不能切除病灶，應該盡量對狹窄部位進行膽管成形，才能夠減少術后結石復發的概率。少數患者因為廣泛、嚴重的肝內膽管結石，導致肝功能失代償，可能需要肝移植進行治療。與傳統的肝部分切除和切開取石相比，肝移植治療的手術風險相對更大。