輸血小板的不良反應與其他血液制劑相類似，都會面臨輸血傳播性感染，以及輸血非傳播性感染不良反應。輸血傳播性感染主要是一個病毒性肝炎，比如乙肝、丙肝，還有艾滋、梅毒、巨細胞病毒、EB病毒。輸血小板的非感染性的反應，包括過敏反應、發熱性非溶血性輸血反應、溶血性輸血反應、輸血相關循環負荷過重、輸血相關急性肺損傷、輸血相關呼吸困難、輸血后紫癜、空氣栓塞等。血小板相對于其他血液制劑來說，由于它是22℃±2℃震蕩保存，所以保存溫度較高，更容易發生細菌污染及菌血癥。此外，非溶血性發熱反應以及過敏反應，在輸血小板中可能也略高于其他的血液制劑。最后就是輸血小板，可能反復多次輸注，有可能發生血小板輸注無效，以及輸血后紫癜。對于需要長期輸注血小板的血液病患者，是最棘手的問題，可能需要將血小板進行特殊的交叉配血，才能尋找相合的血小板輸注。