十二指腸梗阻治療方法和其它腸道梗阻治療方法類似。首先是解除病因，疏通腸道。其次可以進行支架治療，但十二指腸由于部位特殊，因此支架置入較困難。因為十二指腸有大乳頭，即膽汁和胰液流出道，支架置入術不能把流出道堵塞，因此放置支架較困難。 十二指腸如果不能置入支架或病因不能進行解除，可以進行短路手術，將胃和下游空腸進行吻合，食物、消化液可以從胃直接進入空腸，但只是姑息性治療手段。十二指腸梗阻盡量以疏通為主，例如腫瘤可以進行腫瘤切除，其它部位可以根據具體情況進行具體分析。