止痛栓通常有解熱鎮痛類藥物，如對乙酰氨基酚，具有解熱鎮痛藥副作用，如對局部肛門消化道的刺激、損傷肝腎，引起轉氨酶一過性升高。其次，對于過敏患者，可產生出汗、頭疼、頭暈等毒副反應。另外還有吲哚美辛止疼栓，屬于非甾體抗炎藥制成的栓劑，鎮痛效果較為確切。因其屬于非甾體抗炎藥，常具備的副作用有消化道癥狀，如胃痛、胃脹、對肛門局部刺激，局部疼痛、不適，同時也損傷肝腎功能。