患有肛門疾病可以去以下科室就診：1、中醫院：我國的現狀是絕大部分中醫院有專業的肛腸科，患有肛腸疾病，就要前往其肛腸科進行診治；2、西醫院：部分西醫院現在也建立了專業的肛腸科，此時也需要去肛腸科診治；3、綜合性醫院：部分綜合性醫院沒有專業的肛腸科，肛腸疾病是屬于外科下面的二級學科，因此，應前往這些醫院的普外科進行診治。無論是肛腸科還是普外科，這兩科的醫生都進行了專業的肛門檢查訓練，也進行了肛門疾病的支持拓展。因此，這兩科的醫生，對于診治肛腸疾病都沒有問題。除非部分醫院的普外科非常專業，比如部分醫院的普外科可能專門看內分泌，這個普外科就是治療甲狀腺或者乳腺的科室，需要去另一個普外科就診。通常這種情況下，其普外科可能是普外一、普外二、普外三的分割狀態，所以要看醫生具體擅長診治的范圍，是否有肛腸疾病。