肛門疾病可以就診的科室如下：1、結直腸肛門外科門診；2、如果醫院沒有結直腸肛門外科門診，可以掛結直腸外科門診；3、如果沒有結直腸外科門診、結直腸肛門外科門診，應該掛肛腸外科門診；4、部分醫院沒有結直腸肛門外科門診、結直腸外科、肛腸外科，可以掛胃腸外科門診；5、如果是小醫院，如縣醫院、基層醫院，分科不詳細，沒有胃腸外科、結直腸外科、肛腸外科，此時可以掛普通外科。如果沒有普通外科，則應該掛外科門診。如果患者所去的醫院沒有上述科室，建議到上一級醫院就診，因為肛門疾病不可以在內科就診，需要優先選擇結直腸肛門外科門診和肛腸外科門診。