糖類抗原12-5即為CA12-5，糖類抗原19-9即為CA19-9。巧克力囊腫是發生在卵巢的良性疾病，可以導致CA12-5、CA19-9等兩項腫瘤指標升高，通常升高幅度并不明顯。而隨著巧克力囊腫及時給予切除手術，這些指標可能會恢復正常。但巧克力囊腫并非一定要做手術切除，因為其屬于良性疾病，若臨床上無癥狀，可以僅做觀察，暫時不給予治療。但多數巧克力囊腫患者會發生囊腫破裂或蒂扭轉等情況，這屬于臨床急癥，需要及時給予手術來進行治療。在大多數情況下，巧克力囊腫癌變的可能性并不大，但同樣可能會導致部分腫瘤指標升高，如CA12-5和CA19-9，但這種指標的升高并不意味著巧克力囊腫已經癌變，而只是提示巧克力囊腫的存在。