慢性心房顫動最常見的并發癥是腦卒中，引起腦卒中的原因主要是心房顫動的患者心臟不是規律收縮，血流處于瘀滯狀態時更容易引起血栓形成。血栓形成后通過左心室出去，可能進入大腦，引起患者出現腦栓塞等相關問題。 對于有心房顫動的患者來講，治療的原則是抗凝治療。只要房顫疾病持續存在，患者就需要終身進行抗凝治療。凝治療藥物的選擇，以前是服用華法林，但需要監測華法林的劑量。因為華法林的查血結果，也就是INR值過高或過低都會有問題。若過低可能達不到抗凝的效果，若過高可能會引起出血，腦出血帶來的危害和腦梗塞相同。現在有新型抗凝藥物，患者可以不用長期來監測凝血指標，會更方便，但是經濟的付出會更大。