咽鼓管功能障礙最常見癥狀為耳內悶堵感，部分嚴重咽鼓管功能障礙患者，造成鼓膜內陷或粘連后，可出現聽力問題，即聽力下降。 咽鼓管功能障礙無法有效調節中耳內壓力，可造成中耳持續負壓。在負壓狀態下，患者自覺功能障礙側耳內出現嚴重悶堵感。當中耳腔負壓較為嚴重時，可出現中耳腔內有滲液，此種情況可造成聽力下降，通常為傳導性聽力損失。出現中耳滲液時，部分患者可出現耳鳴，以及隨頭位轉動，出現耳內流水聲，極少數患者可伴隨眩暈。 如耳內負壓或滲液持續存在，還可繼發上鼓室膽脂瘤以及中耳腔粘連，即粘連性中耳炎，造成永久性聽力下降。