導致腎囊腫的原因很多，有先天以及后天形成，大部分的腎囊腫是因為腎臟結構異常導致。也是腎小管逐漸擴張之后，隨著年齡的增長越來越大，之后形成囊腫。囊腫有大有小，小的有1-2cm，大的甚至可以長到5-10cm。有些囊腫也可以生長在腎臟外側，也可以生長在腎臟里面，還可以生長在腎盂旁邊。既可分布在左側，也可分布在右側，并不一定是左側腎臟更多，還是右側更多。而引起腎囊腫的原因，目前機制還不明確。另外，有些是先天性，有種囊腫叫做多囊腎，是一種遺傳性疾病，由染色體異常所導致。在腎臟上面會長很多囊腫，這些囊腫會代替正常腎臟，并壓迫腎臟，導致腎功能不全，最后患者因腎功能不全而死，需要進行腎移植進行代替。而這類的患者可能在肝上面也會出現囊腫，叫多囊肝，所以多囊腎聯合多囊肝，都會出現在這類患者。總之，腎囊腫是由很多的原因導致，可以是先天因素，也可以是后天因素。但是總體上，腎囊腫是良性病變，如果不產生嚴重癥狀或嚴重后果，不需要進行處理。