大多數鞍區腫瘤手術風險較小，鞍區腫瘤手術包括傳統開顱手術和經鼻蝶竇經窺器或內鏡，進行鞍區腫瘤切除。不論哪種術式，創傷均較小。而且隨著醫療進步，包括手術器械和醫生手術技巧提升，鞍區腫瘤手術風險也會小。當然有些腫瘤還是存在一定風險，比如腫瘤包裹重要的神經和血管的腫瘤、侵入附近的海綿竇、影響下丘腦位置，這時候手術風險相應較大。通過有經驗的醫生進行操作，風險可以較大的降低。