十二指腸潰瘍的好發部位在十二腸球部。十二指腸位于胃幽門口的下端，呈U型結構，與胃連接的呈十二腸球部，還有之后的十二腸降段、水平段、升段，最后接入近端的空腸。通常醫生所說十二指腸潰瘍，是指十二指腸球潰瘍，十二腸降部亦可發生潰瘍，通常病因略有不同。近90%的十二腸的球部潰瘍患者，合并幽門螺桿菌感染，這種細菌在胃內長期定植，導致胃酸分泌異常，可以引起胃潰瘍、胃癌、胃炎以及十二指腸球部潰瘍。十二指腸降部亦可出現潰瘍，部分特殊的腫瘤，例如胃泌素瘤，可以反復引起十二指腸降段多發性潰瘍，也是較為多見的情況。也可能與臨近臟器的腫瘤有關，例如胰腺、膽管腫瘤，對于十二指腸降壁外侵犯，可能導致十二指腸降段長潰瘍。