很多狐臭的患者都不希望手術或激光等有創性的治療，而是希望能夠通過使用藥物來治療腋臭。腋臭是由于人體特殊部位的大汗腺分泌不飽和脂肪酸后，被體表的細菌分解而產生的異味。所有的藥物治療都是針對大汗腺的分泌機制來阻斷大汗腺的分泌。如果能通過藥物的方式使大汗腺萎縮，就可以從根本上治療腋臭。但目前藥物治療不能從根本上使大汗腺萎縮，藥物主要是盡量減少大汗腺分泌不飽和脂肪酸，通常使用的藥物治療有注射肉毒素。注射肉毒素的治療主要是抑制乙酰膽堿的分泌，從而抑制刺激大汗腺分泌的交感神經，這是一種暫時使大汗腺分泌減少的治療方法。 如果已經形成了不飽和脂肪酸，可以用藥物清潔局部皮膚，比如腘窩、腋窩等陰暗潮濕的部位，同時抑制正常菌群的生存。目前有很多外用的藥物，包括20％-25％的氯化鋁溶液以及1:5000的高錳酸鉀溶液，目的是為了殺死細菌，從而抑制細菌分解不飽和脂肪酸。從根本上抑制大汗腺分泌的藥物目前只有肉毒素。另外，還可以使用中藥治療，其目的也是為了局部清潔，抑制細菌的生長。藥物治療腋臭主要是對癥治療，不是病因治療。病因治療是要使大汗腺萎縮或消除，但目前還沒有可以使大汗腺徹底萎縮的外用或口服藥物。所以腋臭的治療主要包括抑制分泌、清除體表分泌物以及抑制正常細菌的生長。