功能性消化不良的恢復時間不能一概而論，功能性消化不良的特點是容易反復，病程持續時間比較長，有時輕時重的表現。有些病人病程比較長時會合并有焦慮、抑郁等情緒的改變，尤其是合并有嚴重情緒改變的病人，病程可能會持續幾年，甚至十年、幾十年。但是如果病人能夠在早期得到及時有效地治療，可能在2-4周內便會恢復。如果功能性消化不良拖的時間比較久，癥狀逐漸加重后再治療，相對會比較困難。對于消化不良的治療，病人可以用促動力藥或助消化的藥物，如果功能性消化不良長期不能恢復，持續1年以上，可以考慮可以用調節情緒的藥物，進行抗焦慮、抗抑郁的治療。