治療孩子智力低下的最好辦法是針對病因進行治療以及康復訓練。引起孩子智力低下的原因比較多，包括染色體畸形，甚至是一些基因導致的異常等，都可以引起智力低下。還有出生時候的缺氧、缺血、中毒以及神經系統變性性疾病等，都可以導致孩子智力低下。還有內分泌疾病如先天性甲狀腺功能低下等，要針對病因治療。有一些病因通過早期發現，早期治療，會使孩子的智力跟同齡兒類似。如先天性甲狀腺功能低下在出生的時候應該篩查，如果在出生1個月之內確診，往往給予甲狀腺素片口服以后，能夠顯著改善孩子的智力水平。苯丙酮尿癥在出生以后也要進行篩查，如果篩查出來，通過低苯丙氨酸飲食等，能夠改善其智力水平。還有半乳糖血癥等遺傳代謝病，如果早期發現，早期給予飲食調整，都可以改善孩子的智力水平，這是針對病因治療。而由于染色體疾病引起的智力低下往往沒有辦法針對病因治療，如21-三體綜合征引起的智力低下，常常要通過后期康復訓練，如語言和運動訓練，讓孩子達到生活自理，并且逐漸掌握一些技能，來改善其智力水平。其他的如缺氧缺血性腦損傷導致的后遺癥、中毒引起的腦損傷后遺癥、神經系統變性性疾病等，都可以通過后天的康復訓練來改善孩子的智能水平。