瞼板腺囊腫手術后會留瘢痕多數沒有瘢痕。瞼板囊腫多數在眼睛里，使用夾子將眼皮翻開，在結膜面做切口進行手術，切口在眼皮內。因此手術結束后，皮膚表面沒有瘢痕。少數病人囊腫向皮膚里突破，囊腫的包塊突出于皮膚表面，此時需要進行皮膚面切口，愈合后有輕微瘢痕，通常切口較為平直，并且順著皮紋方向，手術切口的痕跡在一段時間后變淡。瘢痕體質的患者在手術后，瘢痕可能較為明顯。