耐多藥肺結核通常不能自愈，臨床上經痰檢發現結核桿菌后，進而通過藥敏試驗對耐多藥肺結核患者進行確診，耐多藥肺結核患者體內的結核桿菌較多，所以耐多藥肺結核基本上無法自愈。大部分耐多藥肺結核患者為老年患者，其肺部病變較嚴重，且患者體質欠佳或合并有其它的并發癥，如糖尿病、免疫系統疾病。 耐多藥肺結核患者通過規律地抗結核治療，其治愈率可能僅達到50%，不進行抗結核治療的患者，基本上無法自愈，隨著時間的延長，患者的肺部病變會逐漸加重，最終可導致患者因呼吸困難、咯血、呼吸衰竭而死亡。臨床上建議被確診的耐多藥肺結核患者應及時開始規律地抗結核治療，于早期控制癥狀，減少肺部損傷。即使有將近50%的患者無法被治愈，但臨床上可通過規范的抗結核治療，降低患者的傳染性，延緩疾病的進展，并提高患者的生活質量。