腘窩囊腫如果較大，患者反復穿刺如果感染，會出現膝關節后方破損，感染流膿的情況，需做清創處理，控制感染，修復皮下組織，需要一定的治療時間。如果腘窩囊腫在皮膚表面破潰會導致感染，甚至出現關節感染，患者應該做及時的清創處理，有時需要引流。如果腘窩囊腫在內部破掉，反倒是治療方法，比如通過關節鏡將膝關節后方的關節囊打開，讓囊腫內口敞開，是現代治療常用的微創方法。如果腘窩囊腫在肌間隙里面破開，也會有利于吸收，囊腫會變小。因此如果自行破裂是正常狀態，甚至是治療方法。