全飛秒激光在手術開始之前2-5分鐘，需要在患者眼睛里點麻藥來進行眼部的麻醉，讓患者的眼睛暫時沒有感覺。手術開始之前還要對患者的重要信息進行核對，如姓名、年齡、出生年月日、屈光度，屈光度也可以理解為配戴眼鏡的度數，在核對無誤之后，手術才能正式開始。 確認擺正頭位，囑咐患者注視上方綠色的注視光，手術者借助手術顯微鏡和操縱桿來進行準確的對位，正確對位后即開始飛秒激光掃描，時間大約是25秒。在該過程中，患者會感覺到視物沒有原來清晰，是因為飛秒激光聚焦在角膜特定的深度后，在角膜基質層產生連續的氣泡，影響了患者看東西的清晰度。醫生在手術顯微鏡下確認切口和透鏡完成后，用合適的手術器械把氣泡相互融合形成的分離界面制作光學透鏡取出來。透鏡取出后，要確定基質透鏡的完整性，再用生理鹽水進行適當的沖洗、拭干，并仔細對合角膜切口，此時手術就完成了，時間在10-15分鐘之間。