目前無法將飛秒與激光手術進行比較，因為飛秒激光屬于激光手術，但臨床認為全飛秒激光是相對更安全、更高效的激光矯正方式。全飛秒激光又稱飛秒激光小切口角膜基質透鏡取出術，可通過飛秒激光在患者的角膜基質層磨制透鏡，再通過2mm的小切口將透鏡取出，以改變角膜的屈光狀態。全飛秒激光手術后，患者的視力可得到提升。由于不需要制作角膜瓣，僅使用飛秒激光在基質層內進行精準的切削，所以術后患者通常不會發生視力的回退或干眼。此外，由于切口較小，所以發生感染的可能性也較低。因此全飛秒激光手術被認為是目前較為安全的激光手術，屬于激光手術的一種。