陰莖潰爛時，治療效果較好的藥物軟膏，要明確引起陰莖潰爛的感染原，或引發病變的病原體，才能夠選擇有效的治療藥物，常見情況如下：1、真菌感染：真菌感染引起的陰莖皮膚潰爛，可以用制霉菌素類或咪唑類的抗真菌乳膏，比如酮康唑、硝基咪唑等，會獲得較好的效果；2、病毒感染：比如單純皰疹病毒引起的生殖器皰疹，建議選用阿昔洛韋、更昔洛韋等抗病毒的乳膏涂抹；3、細菌感染：細菌感染引起皮膚炎癥、破潰，可以采用抗生素，比如外用的頭孢類抗生素，比如用莫西沙星軟膏、百多邦(莫匹羅星軟膏)等進行涂抹；4、梅毒感染：可能要根據梅毒分期，選擇青霉素類的藥物治療，可能選用四環素或多西環素類抗生素治療。感染梅毒的患者，可能需要輸液治療，而不是選擇外用的乳膏；5、腫瘤：腫瘤引起皮膚潰爛，可能需要及時手術治療。