腦干損傷實際上是顱腦損傷中的特殊類型，所以一旦發生了腦干損傷，大多數患者的病情都比較重，而且沒有特效的治療方法。腦干是顱腦最中心的部位，也就是中腦、橋腦、延髓的總稱，實際上是人腦的中樞，也就是控制意識、心跳、血壓、呼吸中樞，是人腦最重要的結構。患者往往表現為持續性的昏迷，多合并血壓、心跳、呼吸的改變。這種情況下，醫生能做的也只是保持患者各項指標的平穩，可以用神經修復的藥物或輔助高壓氧等康復手段。 總而言之，受損的腦干組織需要非常長的時間才可能得到比較好的修復，但腦干損傷的修復時間至少要一個月以上，甚至更長。很多重癥腦干損傷的患者可以長期昏迷，甚至永遠不能蘇醒，成為植物生存狀態，這也是最危險的情況。大多數輕中型腦干損傷的患者，能夠得到比較好的恢復。