十二指腸潰瘍通常是胃酸以及幽門螺桿菌感染引起，治潰瘍之前一定要達到充分抑酸、根除幽門螺桿菌。抑酸藥物通常有H2受體阻斷劑以及質子泵抑制劑，H2受體阻斷劑抑酸作用相對較弱，包括雷尼替丁、法莫替丁等；質子泵抑制劑如奧美拉唑、艾司奧美拉唑、蘭索拉唑、雷貝拉唑、泮托拉唑等，可以根據個人情況選用。 如發現有潰瘍，有嚴重胃黏膜萎縮或有胃黏膜癌變時都要根除幽門螺桿菌，可用四聯療法，即一種PPI、兩種抗生素加一種鉍劑。此外為了幫助潰瘍快速愈合還可以吃保護胃黏膜的藥物，如麥滋林、替普瑞酮，這些藥物都能起到保護黏膜和促進潰瘍快速修復的作用。