臨床上沒有某個單一的藥物，是治療胃十二指腸潰瘍最好的藥，常用于治療胃十二指腸潰瘍的藥是質子泵抑制劑，包括奧美拉唑、雷貝拉唑、埃索美拉唑、泮托拉唑等，是抑酸效果比較好的藥物，可以將胃和十二指腸的pH值，迅速由1.5-3.5調節到4及以上。胃和十二指腸潰瘍常見的發病機制，就是在幽門螺桿菌感染的基礎之上，出現胃和十二指腸黏膜屏障的損傷，這時胃酸分泌過多，會進一步加重和刺激胃和十二指腸潰瘍的黏膜損傷。如果通過使用質子泵抑制劑，很快將pH值調節到4及以上，可以減少胃和十二指腸黏膜因胃酸造成的損傷，因此最常用的藥是質子泵抑制劑。