小細胞低色素貧血多數為缺鐵性貧血。缺鐵性貧血的病因是缺少血清鐵，不能利用血清鐵，此時小細胞低色素貧血的患者需要補鐵治療，可口服鐵劑，若不能吸收，可用肌注或者靜脈輸注補充。若機體沒有吸收障礙，可攝入動物的血制品。必要時甚至可以輸血，因為陳舊紅細胞代謝后，其中的鐵可以再利用，輸血時也能將鐵輸入。地中海貧血也屬于小細胞低色素性貧血，是一種遺傳病，無法采取上述同種方式治療，但可進行輸血替代。此外，脾過大以后，可將脾切除，但通常不主張這種治療，因為無法明確解決問題。在不缺鐵的情況下，如果是其它因素造成貧血，必要時也可進行骨髓移植。綜上所述，針對不同病因，需使用不同方法治療，所以小細胞低色素貧血，要先區分清病因，再針對性治療。