隱形眼鏡較大的弊端，是不規范操作導致的眼表感染。如果在配戴過程中手劃傷眼睛表面，或者鏡片本身由于保存原因藏污納垢，則可以造成眼部表面局部感染，較嚴重的感染可以導致角膜化膿、潰爛，甚至導致失明。隱形眼鏡的規范化操作一定要注意并且掌握，通常隱形眼鏡會有特殊的容器，需要倒入清潔藥水，進行各方面的充分揉搓。在清洗隱形眼鏡之前，雙手需要洗干凈，將隱形眼鏡放在容器里洗干凈，或者在手心里洗干凈之后，要放置到干凈的盒子里進行保存。配戴時要學習配戴方法，避免用任何硬器傷到眼睛表面，眼睛有完整的上皮是堅強的屏障，可以抵抗感染，如果眼睛被劃傷同時又帶進細菌，則會發生感染。