小腹隱隱作痛的原因可能有以下幾點：1、小腸病變：小腸有炎癥性疾病，如克羅恩病、腸結核，就會隱隱作痛。如果有腫瘤性疾病，如間質瘤、淋巴瘤、腺癌等，也會有隱隱作痛，需要做腹部CT檢查和消化道造影檢查。還有一種小腸疾病就是腸功能紊亂，一般是自主神經功能紊亂所引起，要在排除器質性疾病之后，才能夠確定屬于功能性疾病，一般需要服用治療腸功能紊亂的藥物進行糾正；2、小腹其他臟器病變：如乙狀結腸和直腸有病變，常見的有直腸癌、乙狀結腸癌、直腸炎、乙狀結腸炎，也就是潰瘍性結腸炎，這些病變小腹也有隱隱作痛的表現。對于直腸和結腸疾病，一般首選結腸鏡檢查，看到底有沒有這方面的疾病；3、盆腔其他臟器病變：如膀胱有炎癥導致膀胱炎，或者有膀胱腫瘤，都會引起小腹隱隱作痛。女性的子宮、卵巢和輸卵管如果有腫瘤、炎癥、囊腫，都會有隱隱作痛的情況。需要去婦科做相應的檢查，看到底有沒有這方面的疾病。