男性小腹隱隱作痛的原因比較多，通常需要若干學科進行綜合的分析和排查，才能準確的找到病因，需要重點考慮以下幾個原因：1、慢性前列腺炎：多見于中青年男性，而且因為工作習慣和生活習慣，長期有久坐的情況，病人除了隱痛癥狀之外，可能還會有尿道滴白、尿頻、尿急等；2、 泌尿系統疾病：考慮是否有輸尿管中下段結石，雖然多數輸尿管結石患者，會有強烈的絞痛癥狀。但是確實有部分結石患者，由于結石完全滯留和固定在輸尿管某個部位，這個時候，疼痛癥狀不典型，反而表現為隱痛，一定要重視，不能輕易忽略對于結石的診斷；3、惡性腫瘤：也比較常見，大部分惡性腫瘤，在早期的時候癥狀不典型，比如輸尿管癌、膀胱癌等，如果出現了局部播散、侵犯、進展，可能會表現為肉眼血尿的癥狀；4、外科疾病：比如慢性闌尾炎、腸痙攣、早期腸梗阻、胃潰瘍、腸潰瘍穿孔等；5、消化系統內科疾病：有些病人長期便秘，頑固性便秘糞塊瘀滯、堆積，所以出現下腹隱痛，這種情況也很常見；6、其他：比如潰瘍性結腸炎、克羅恩病等，都有可能會出現內科性的隱痛癥狀。