核酸檢測可以檢查多種疾病，通常感染性疾病大部分都可以通過核酸檢測診斷，常見如下：1、新型冠狀病毒感染：目前用得最多的為新型冠狀病毒的核酸檢測，通常為咽拭子，包括口咽拭子和鼻咽拭子，特殊人群中可能會做肛拭子的核酸檢測，目的是及時發現感染者；2、流感：此外，用得最多的還有流感的核酸檢測，流感病毒可能每年都會變異，部分患者會反復感染，如果檢測抗體則比較不準確，因為患者以前感染過流感，所以可能本身即為流感抗體陽性，但核酸檢測則可證明該次為正在感染流感；3、艾滋病：除呼吸道疾病外，在血液傳播、性傳播的疾病中用得最多的為艾滋病核酸檢測，艾滋病的核酸檢測可證明體內病毒數量的多少。經抗病毒治療后，正常情況下半年后核酸檢測病毒會明顯下降，通常為下限以下，即檢測不到艾滋病病毒，此時采用核酸檢測定量，以評估艾滋病的抗病毒治療效果；4、病毒性肝炎：乙型病毒性肝炎和丙型病毒性肝炎亦可做核酸檢測，乙肝病毒屬于DNA病毒，丙肝病毒屬于RNA病毒，兩者均可進行核酸檢測，以評估體內病毒數量及治療效果。治療后核酸的數量從多變少甚至檢測不到，則說明治療非常有效。很多疾病均可做核酸檢測，以證明體內是否存在相應的病原體。