腎小管損傷的恢復時間因人而異，不同病因引起的腎小管損傷，恢復時間不同。部分患者腎小管損傷基本永遠不可恢復，會長期遺留著腎小管功能障礙，甚至會逐漸出現慢性腎間質纖維化，導致慢性腎功能不全，最終進展到終末期腎臟病，比如馬兜鈴酸腎病，其中有相當部分患者腎小管損傷長期存在，而且還會有腎功能的進行性進展。而像缺血、缺氧，比如休克或者是手術中大量地缺血、出血，導致的腎小管缺血、缺氧引起的腎小管壞死，腎小管上皮細胞可以在數周，通常是2周左右上皮細胞再生修復，腎小管會在2周左右損傷得到修復，腎小管功能得以恢復。所以根據不同的病因，腎小管損傷恢復的時間也不一樣，短的是2周左右，長的可能是會造成終生的腎小管功能損傷，不能修復。此類病人會跟蹤其腎小球以及腎小管的功能，觀察恢復的時間。