房間隔缺損和卵圓孔未閉最大的區別是一個屬于先天性心臟病，另一個屬于正常變異，這是兩個明顯的不同。而房間隔缺損這種先天性心臟病和卵圓孔未閉又有共同之處在于都屬于房間隔有一個小缺口。兩者主要區別如下：1、外觀表現和形成機制不同：房間隔缺損是由于房間隔沒有發育好，導致沒有完全閉合而出現缺口。卵圓孔未閉是因為上、下半部分的房間隔沒有完全貼合而出現的縫隙，所以外觀表現和形成機制上有明顯的不同；2、處理的方式、方法不同：兩者處理方式和方法也明顯不一樣，一般房間隔缺損如果不能自己閉合，4歲以內不能夠自然愈合，都要進行手術干預、介入封堵術、開胸手術。卵圓孔未閉一般在兒童時期不用特殊處理，因為在兒童時期卵圓孔未閉不算疾病，對機體沒有危害，所以卵圓孔未閉一般不會處理。有些卵圓孔未閉在成人期會出現一些疾病，這時才進行干預，所以房間隔缺損和卵圓孔未閉還是差別比較大的疾病。當然在臨床上有時很難區分，因為都屬于房間隔上的小缺口。