房間隔缺損和卵圓孔未閉在本質上有一定區別，在臨床上有些相似之處，都是在房間隔位置上的孔洞樣結構，但是房間隔缺損通常指在胎兒發育時期第一間隔、第二間隔存在發育不良、發育不全導致。而卵圓孔是在胎兒時期循環必須的通道，是右向左分流的通道，出生以后由于左心房壓力增高，往往會導致卵圓孔閉合，如果不閉合，稱為卵圓孔未閉。卵圓孔未閉也是一種缺損，但缺損是斜形。 在外科手術中，可以看到卵圓孔未閉和房間隔缺損的區別。如果從右房垂直角度直接看到左心房，通常稱為房間隔缺損。如果從右房角度不能垂直看到左心房，通常稱為卵圓孔未閉，這是兩者區別。