會厭囊腫是否可以吃藥消除需要分情況討論，如果是急性感染期引起的會厭的囊腫，可以嘗試口服甚至靜脈給予抗生素進行治療。但是會厭后壁囊腫很難通過藥物進行治療，如果癥狀嚴重的情況下，可以采用手術治療。會厭囊腫往往是一種慢性病變，等發現的時候，往往已經超過了三個月。在這種情況下，使用藥物，無論是抗生素，還是利咽、排水、清熱解毒的藥物，很難有效達到病變的部位，很難起到效果。但是并不是每一種會厭囊腫都需要治療，如果囊腫很小，沒有引起特殊不適，注意隨訪和觀察即可。如果會厭囊腫過大、咽異物感過重，甚至引發了呼吸困難或者反復感染，這個時候可能就要采用積極的方法進行治療。