奧美拉唑整體而言比較安全，并不會有太多副作用。但如果長期服用，則可能會帶來副作用，包括形成胃底腺的息肉，即胃息肉增生，可以引起肺部感染、骨質疏松、電解質紊亂等比較常見的問題，短期服用幾個月則不會有問題。另外，對于質子泵抑制劑，除奧美拉唑外，埃索美拉唑、雷貝拉唑都存在同樣問題，長期服用以后因為過度抑制胃酸分泌，導致分泌胃酸的細胞反應性增生，增生后會形成胃息肉，但大多數是良性，目前沒有惡變報道。并且長期服用抑制胃酸的藥有時會導致社區獲得性肺炎，影響電解質吸收或導致鈣、鎂的電解質紊亂，并且引起骨質疏松的問題，但相對比較少見。