飛秒激光是一種比較先進的激光模式，相對準分子激光而言，它的技術和安全性、有效性，又得到了進一步提高，但是既然是手術，在有優點的同時也會有弊端，相對來說飛秒激光手術后的后遺癥比較少，最常見的后遺癥具體如下：1、術后感染：這個發生率是極低，最近幾年都很少見到，但是既然是手術，動了角膜組織，就難免會有感染的風險；2、術后角膜狀態改變：有的患者在手術后，可能會出現角膜云翳的情況，這個情況大多數是與患者自身條件相關，比如有的患者可能是瘢痕體質，但是在手術之前沒有表現出來，手術之后可能就體現在角膜傷口的愈合上面，就會形成一些薄的斑翳，所謂的角膜云翳就是這樣來的；3、屈光回退：這種現象更多容易出現在術前是高度近視的患者身上，如果患者術后不太注意科學合理的用眼，手術之后并不是一勞永逸的事情，繼續疲勞用眼，眼軸就會進一步增長，于是也就會發現屈光回退，又有了近視度數。