飛秒激光手術屬于非常安全、高效的近視眼矯正手術，可能存在后遺癥，但臨床中后遺癥發生的幾率較低。飛秒激光術后常見的并發癥是術后干眼，飛秒激光手術是通過飛秒激光在角膜磨制鏡片，所以可能會傷及角膜的神經末梢，而使患者產生術后干眼的情況。半飛秒激光手術中需制作角膜瓣，而角膜瓣可能發生扭轉、瓣下渾濁，還可能發生欠矯或過矯的現象，甚至患者術后可能存在視力的回退。雖然上述情況發生幾率較低，但也可能存在。此外，飛秒激光手術患者在術后可能發生眩光的情況，因為飛秒激光的矯正高階像差難度較大，所以術后患者的視覺質量可能無法得到有效提升。