新生兒結膜炎一般不會自愈，需要通過進行適當的干預才能緩解，因為新生兒相對抵抗力比較差，本身他的淚液分泌并不是很完善，所以病原微生物進入到結膜內很難沖出體外，因此新生兒結膜炎一般需要及時進行干預才能緩解。特別是經過產道出生的新生兒，在產道中可能會感染沙眼衣原體、肺炎球菌感染，或者流感嗜血桿菌，或者是其他菌類，都可能造成新生兒結膜發炎的情況，應該早期進行積極干預，如果處理得晚，有可能會合并全身性的感染，造成更加嚴重的膿毒血癥。特別是有一些感染如果控制不好，可能對新生兒的結膜，或者視力造成損傷。此外，如果母親本身患有淋病之類的疾病，此時在生產過程中出現的結膜炎，可能需要全身用藥才能控制，單純的局部用藥有時都不能夠控制新生兒的結膜炎狀態。因此新生兒如果出現了結膜炎，應該分析病原微生物產生的原因，針對性的進行治療。