幽門螺桿菌是一種感染性疾病，所以根治幽門螺桿菌要用抗生素和消化科常用的質子泵抑制劑、鉍劑來治療幽門螺桿菌。治療幽門螺桿菌的藥物首選PPI類質子泵抑制劑，質子泵抑制劑有埃索美拉唑、泮托拉唑、雷貝拉唑、奧美拉唑等，是不同代的質子泵抑制劑，臨床上有多種選擇。通常根據患者自身的情況，有些患者會有藥物的過敏，所以需要規避一些相關的藥物。 還有鉍劑的治療，鉍劑的治療通常是膠體果膠鉍和枸櫞酸鉍鉀，治療也是根據醫生的選擇，因為鉍劑是重金屬，通常根據患者既往治療的情況，有無相關肝腎損害的情況，再合并兩種抗生素。抗生素的選擇一定要優選針對患者耐藥率最低，毒副作用最小，沒有過敏史，沒有耐藥性的抗生素。 如果患者有青霉素過敏，一定要給患者進行青霉素的皮試，如果還是陽性過敏，就不能選擇青霉素。排除青霉素之后再選擇其它抗生素，但一定要優選耐藥性相對低的，克拉霉素、甲硝唑、替硝唑等抗生素耐藥率比較高，一般不優選，可以選擇四環素，呋喃唑酮等耐藥率比較低的抗生素來治療。