目前能夠預防腹瀉的疫苗，主要為輪狀病毒疫苗。輪狀病毒疫苗不能針對所有腹瀉有預防作用，僅能針對輪狀病毒感染引起的腹瀉具有預防作用。如果寶寶本身的消化道功能相對較弱，一般在3歲之內，根據情況在必要時服用輪狀病毒疫苗，對輪狀病毒感染引起的秋季腹瀉，有比較好的預防效果。如果寶寶由其它原因引起腹瀉，目前還沒有良好的疫苗進行預防。如果由于腸道的細菌感染，例如大腸桿菌感染引起腸炎，目前還沒有疫苗可以使用，主要通過家庭的衛生防護，多洗手，注意入口食物衛生，緩解腹瀉。還有些寶寶的腹瀉，可能與食物過敏有關，例如進食某些食物過敏，也會出現腹瀉，需要通過回避過敏原進行治療。還有些寶寶出現腹瀉，可能與乳糖不耐受有關，需要適當添加乳糖酶，避免由于乳糖不耐受引起腹瀉。只有輪狀病毒疫苗對輪狀病毒導致的腹瀉有一定幫助，但對其它原因引起的腹瀉則沒有作用。