肝內膽管結石的復發與采用的治療方式、結石病因、患者身體狀況有關。手術治療肝內膽管結石不徹底，沒有解除結石的病因，術后較容易復發。另外根據患者結石成分，如膽色素結石，與膽管的合并感染、炎癥有關。膽固醇結石與身體產生過多膽固醇排泄有關。如果進食過多膽固醇高的食物，例如油膩飲食、雞蛋蛋黃等，容易造成體內的膽固醇排泄增多，從而引起結石復發。 所以應該規律飲食，減少動物性膽固醇攝入，有利于減少結石的復發。利膽藥物例如熊去氧膽酸，消炎利膽片等可以稀釋膽汁，增加膽汁里的固體物質溶解性，從而防止患者術后結石復發。