咽喉部的囊腫的手術根據不同位置的囊腫，囊腫大小，來判斷是否痛苦。如鼻咽部囊腫，通過鼻內鏡去切除，鼻內鏡切除鼻咽部囊腫后填塞止血，手術過程并不是很痛苦，但是術后填塞止血的過程病人會出現鼻部憋脹、不能呼吸的情況，病人還是覺得很痛苦的。口咽部囊腫主要是在術后飲食，要求流食而且食物的刺激會引起吞咽、呼吸的時候出現疼痛感。咽喉部囊腫相對來說痛苦要小一些，因為手術過程是全麻手術，喉鏡下術，手術完以后病人沒有很強烈的不適感覺。咽喉部囊腫根據不同的位置，手術方法不同，會出現不同程度的不適感，但是咽喉部的囊腫總體上來說還是比較簡單的手術，痛苦不是很大，患者出現咽喉部囊腫病癥的時候可以到醫院進行手術治療。