硝酸咪康唑栓主要用于真菌所導致的陰道感染。副作用主要表現在用藥的局部，很少引起全身副作用，在用藥部位可能會感覺到陰道的刺激感或陰道瘙癢、紅斑，以及陰道痙攣。部分患者可能會發生比較嚴重的過敏反應，比如血管神經性水腫。如果在使用藥物期間出現過敏反應，建議暫時停止使用，并及時到醫院就診。另外，在使用期間，一定要注意個人衛生，如果性伴侶也有感染的情況，建議雙方同時進行治療，并且在治療期間避免性生活。還應該注意，在使用此藥物時，要將藥物放入陰道深處，并且一定要先將雙手洗凈，最好要配戴手套或指套，可以在一定程度上防止感染的發生。