硝酸咪康唑軟膏適用于包皮龜頭炎的治療，但是只適用于白色念珠菌性包皮龜頭炎。包皮龜頭炎是發生在包皮和龜頭之間彌漫性的炎癥，可以分為非感染性包皮龜頭炎和感染性包皮龜頭炎。感染性包皮龜頭炎比較常見的致病病原體包括細菌、支原體、衣原體、滴蟲、白色念珠菌，硝酸咪康唑軟膏針對的是白色念珠菌性包皮龜頭炎。盡管各種病原微生物不同，但是患者臨床表現有相似之處和各自特點，無論哪種病原微生物所導致的包皮龜頭炎，總體治療原則一致，即抗菌消炎、內外兼治。如果發生白色念珠菌性包皮龜頭炎，目前推薦用藥是口服伊曲康唑或者曲古霉素這類抗真菌藥物，另外可以選用外用藥物，除碳酸氫鈉溶液清洗外還可以用咪唑類軟膏。咪康唑軟膏屬于咪唑類軟膏，可以應用于白色念珠菌性包皮龜頭炎的治療。其他類型的包皮龜頭炎，如細菌感染導致的包皮龜頭炎，口服抗生素主要是選擇針對革蘭氏陽性菌的抗菌素，外用洗液包括硼酸水。而滴蟲性包皮龜頭炎口服用藥主要是甲硝唑，外用藥物包括乳酸 、醋酸或者高錳酸鉀溶液。