腎臟隱痛往往更多見于腎后性因素，即因為腎盂、輸尿管、膀胱病變引起的疼痛更為多見。而腎盂、輸尿管、膀胱引起的疼痛最常見于腎結石、腎結核、多囊腎，包括輸尿管、膀胱梗阻。腎小球病變往往出現在患有急性腎炎或者腎小管間質病變時，可能部分患者可出現隱痛。而包膜出現病變，腎周囊腫的患者同樣會存在隱痛感。因此需要針對不同的原因進行治療。 因為腎臟內并無神經支配，隱隱作痛則說明腎臟的包膜受到刺激。如果存在包膜膿腫即進行抗膿腫治療，而如果內容物增多，則針對內容物進行治療。有的患者則是由于輸尿管、膀胱梗阻以及結石積水以后引起的隱隱作痛。實際上有很多患者導致其腎臟隱痛的本身并不是腎臟問題，而是由于腰痛、肌肉、腰椎病變、肺部胸膜炎引起。并且婦科疾病、生殖系統方面疾病，同樣有可能導致患者腎區出現隱痛。