腰腎兩側隱痛的主要原因如下：1、生理因素：例如長期疲勞、虛弱等；2、泌尿系梗阻性病變：如患者出現下尿路梗阻，可導致膀胱以下的尿液排出較為困難，長期可能導致腎臟輸尿管擴張、積水的表現，進而出現局部隱痛；3、泌尿系感染：如果感染累及上尿路，引起腎盂腎炎，亦可導致不適、隱痛癥狀，除外可有炎癥表現，如尿液化驗時白細胞數值超標等；4、合并雙側泌尿系結石：也可能出現上述類似的癥狀。