高血壓腦出血最好發部位為基底節區，是腦室深部的神經核團，包括豆狀核、尾狀核、杏仁核和屏狀核，其中豆狀核包括蒼白球和殼核。腦出血易發生在殼核中，大腦中動脈分支臨床叫豆紋動脈，從大腦中動脈主干呈直角發出。角度較大的情況下，直接發出速度和水流一樣，受到沖擊力較大，容易引起破裂出血，導致殼核出血發生率最高，引起相應臨床表現。 其它部位，包括腦皮質下、腦干、小腦也是出血的好發區域，但是基底節區最常見，占腦出血70%左右。在臨床表現出的偏癱、偏身感覺障礙、偏盲等，都是基底節區出血表現。