羊水穿刺總體風險不大，可能有0.5%-1%的流產率。隨著穿刺前化驗的完善，流產的發生率可能更低，有的地方甚至低至1‰或者2‰。一般要求穿刺前1周檢查有無流產先兆，腹痛、陰道出血、發熱等。同時檢查血常規、尿常規以及陰道分泌物，如果都沒問題，才會進行穿刺。 如果查血或者查分泌物提示有炎癥，需要進一步評估炎癥輕重程度、是否需要治療。如果有陰道炎的時候需要治療，痊愈后才能進行穿刺，以降低羊水穿刺風險。 有部分穿刺的孕婦為雙胎或者前壁胎盤，雙胎因宮腔壓力大，穿刺時風險會增加，需要穿刺兩針；而前壁胎盤穿刺時針會通過胎盤進入羊水，如果穿刺不成功，可能會產生胎盤早剝的風險。 因此針對不同的人群，發生風險的概率不一樣。如果有高危因素時，需要門診仔細評估后再做決定。