治療腦梗死的藥需要長期服用，甚至需要終身服用。因為腦梗死是容易復發的疾病，每次復發之后可能會導致患者死亡，也會導致患者留下終身的神經功能殘疾，所以腦梗死重在預防。任何腦梗死后患者都應該啟動缺血性腦血管病的二級預防治療，原則是抗血小板聚集治療，服用阿司匹林或者氯吡格雷，超出急性期可以選用其中一種藥物服用，兩者合用時間取決于顱內是否出現大血管狹窄。如果有大血管狹窄，需要合用3個月，如果沒有大血管狹窄，需要合用3周，留取其中一種藥物終身服用。除此之外，患者需要服用他汀類降脂藥，把低密度脂蛋白降到1.8mmol/L以下或者50%以下。如果有高血壓需要控制血壓，有糖尿病時需要控制血糖，同樣是吃藥控制，高酮型半胱氨酸血癥患者要長期吃葉酸、甲鈷胺、維生素B6，需要戒煙限酒、加強運動。