臨床上應用抗菌藥物非常普遍，部分藥物本身就具有肝毒性，比如就抗結核藥而言，利福平、異煙肼還有其他的一些藥物，本身就具有肝毒性，所以罹患肝臟疾病時盡量避免使用，尤其是利福平類藥物應用。其他抗菌藥物亦禁止使用，比如大環內酯類抗菌素、紅霉素類抗菌素均有一定的肝毒性，包括其衍生物在肝病時禁止使用，因為這些藥物經過肝臟細胞的P450代謝，加重肝臟損傷。藥物不一定均安全，比如喹諾酮類藥物有時有一定肝損傷，但在臨床上發現導致肝損傷幾率較低。