巴曲酶并不常規用于腦梗死患者，應用的時間通常是在急性期或亞急性期，慢性期沒有特別大的意義，只有纖維蛋白酶原亢進或突發性耳聾的患者使用巴曲酶，有一定的證據和指南，其他的疾病并沒有。巴曲酶是一種降纖酶，主要起到控制纖溶酶原的亢進的藥理作用。巴曲酶治療腦梗死的歷史很久，在10-20年前，該藥物被認為是治療腦梗死的特效藥常規使用。但在21世紀的現在，新版的腦血管病的指南里已經明確指出，不應常規使用降纖藥物，如巴曲酶治療腦梗死。除非腦梗死患者有特殊情況，伴有嚴重的纖維蛋白酶原亢進，及查凝血指標，如凝血4項或6項，可以檢測到有嚴重的纖維蛋白酶原亢進和激活，此時可以應用巴曲酶。巴曲酶并非常規藥物，首選藥物還是溶栓藥以及溶栓藥后，抗血管聚集的藥物，以及他汀類藥物和開放側支改善循環的藥物，巴曲酶只用在特殊情況下。還有一種特殊類型的血管事件，名為突發性耳聾，推測可能是由于內心動脈閉塞，突然聽不見東西或有時還伴有眩暈，此時如果無禁忌證，可以選擇用巴曲酶進行降纖治療，有部分患者能夠獲得一定的收益。